Perkhidmatan pendidikan kesihatan telah bermula pada 1960an dengan memfokuskan kepada meningkatkan kesedaran dan kemahiran masyarakat dalam pencegahan penyakit berjangkit. Kepentingan pendidik kesihatan diiktiraf oleh WHO melalui Hasil Kajian Keperluan Pendidikan Kesihatan di negara ini pada awal tahun 1970an dengan fokus utama mendidik masyarakat dalam amalan cara hidup sihat bagi mencegah dan mengawal penyakit.
Pada tahun 1980an struktur pentadbiran perkhidmatan pendidikan kesihatan ditambahbaik dengan penubuhan Unit Pendidikan Kesihatan (UPK) di Ibu Pejabat seiring dengan perkembangan promosi kesihatan global. Bagaimanapun, setelah peranan dan fungsinya berkembang sejajar dengan peredaran masa, unit ini telah di naik taraf menjadi bahagian di Jabatan Kesihatan Awam pada tahun 1992. Kini, Bahagian Pendidikan Kesihatan bertanggungjawab dalam menentukan hala tuju promosi kesihatan di seluruh Malaysia. Peranan ini selaras dengan kemunculan pelbagai penyakit berjangkit dan penyakit tidak berjangkit akibat perubahan cara hidup masyarakat.
